寇克和麥考依到一個M級行星Nibiru出任務，行星上的火山快要爆發，寇克引開外星人而在紅色樹林內狂奔，史巴克試圖要進火山口內丟東西阻止火山爆發。
結果史巴克困在火山口差點沒命，寇克回到藏在海中的企業號後，決定違反最高指導原則，把企業號開出來去救史巴克。史巴克說了經典台詞：「多數人的利益勝過少數人。」（見電影第2集《星戰大怒吼》）
結果，原始外星人都看到企業號了。企業號飛走。進片頭～
倫敦。一個星艦軍官女兒快掛了，John Harrison出現說可以拯救她。
舊金山。寇克跟兩個外星女玩3P，接著被派克上將call回去總部，原來是史巴克寫報告出賣寇克違反最高指導原則，企業號重回派克領導，寇克被拔掉艦長職，史巴克也調職。
前面那個星艦軍官為了報答Harrison救女之恩，潛入凱爾文號紀念館放炸彈，不過這裡其實是31區，星際艦隊的地下研發基地（見《銀河前哨》影集）。星艦總部為此緊急開會，結果會議場地又被Harrison砲轟，派克因此掛掉。
Harrison用攜帶型傳送器把自己傳送到克林貢母星克羅諾斯，馬可仕上將同意寇克開著企業號，帶著72枚神秘新研發的光子魚雷去轟炸他，史巴克也回任。馬可仕上將的女兒、卡蘿馬可仕化名偷偷登上企業號。（還是見《星戰大怒吼》，卡蘿曾經和寇克結婚，是研究創世計畫的科學家。）
寇克貪圖卡蘿的美色就讓她登艦，卡蘿還說她認識Chapel護士，所以聽說過寇克（Chapel是原始影集TOS的護士，由影集創始人Gene Roddenberry的妻子飾演）。史考特不放心神秘光子魚雷放上企業號，憤而辭職。寇克任命契可夫為新任輪機長。
企業號開到中立區，原本馬可仕上將要求企業號直接把72顆光子魚雷轟到克羅諾，但寇克決定帶著史巴克和烏胡拉去活抓Harrison回來受審判。企業號的曲速引擎也剛好掛掉。
沿路上，史巴克和烏胡拉吵架拌嘴。到了克羅諾後，太空梭被克林貢人發現，展開空戰，寇克亂開船亂鑽，最後還是被迫落地，烏胡拉下船講克林貢語希望對方放他們一馬。
此時，Harrison出來亂轟，一陣槍戰後，Harrison突然投降願意回到企業號上。
Harrison在企業號的監禁室裡接受麥考伊檢查，發現他其實是基因改造人，Harrison坦承他的本名是可汗（繼續是《星戰大怒吼》哏，另見原始版影集TOS的《Space Seed》），300年前被冷凍，結果現在被馬可仕上將發現，利用他們的才智和殘忍來打仗。
Harrison建議寇克拆掉那個神秘光子魚雷，卡蘿和麥考伊就到某個小行星去拆雷，結果發現每個魚雷裡面都是一個冷凍艙，藏著一個基因改造人。Harrison也叫寇克去查查某個座標上的東西，寇克叫地球上正在買醉的史考特去一探究竟。
史考特跑到木星上發現一艘超豪華星艦，就偷渡上船。馬可仕上將開著超豪華星艦Vengeance號來追殺寇克，寇克一度想逃，結果被轟爆。寇克拿卡蘿出來當擋箭牌，結果卡蘿被傳送走。史考特在大船上搞破壞，然後當內應，讓寇克和可汗就以音速小子電玩遊戲的方式穿越登船。
在此同時，史巴克call out給新瓦肯星上的老史巴克，問他可汗是誰，老史巴克警告可汗很可怕。
回到Vengeance號上，經過一番打打殺殺之後，可汗殺了馬可仕上將，和史巴克協商後，史巴克同意把72個已動過手腳的光子魚雷送過去，然後可汗把寇克、卡蘿、史考特傳送回企業號，打算轟爆。
企業號失去動力，墜落地球大氣層。
寇克為了修好曲速引擎，冒著輻射進去亂踢一通，結果企業號恢復動力，從雲端浮起。但寇克也因輻射過量而掛掉，臨死前和史巴克演了一段玻璃門前手貼手的戲碼（再度向《星戰大怒吼》致敬），寇克掛掉之後，史巴克哭哭之後，對天高喊：「Khan~~~~~!!!!!」（同樣是《星戰大怒吼》，只是當年是寇克喊的。）
麥考伊拯救不了寇克，悲痛之餘突然發現，他之前把可汗的血注射到一隻死掉的tribble身上，tribble竟然復活了，於是把寇克用冷凍艙冰起來，叫史巴克趕快去活捉可汗。
另一方面，光子魚雷在可汗的大星艦爆開後，他就開著去撞舊金山星際艦隊總部，撞完後還活著。史巴克傳送下去跟他在飛天車陣間打打殺殺，烏胡拉也下去幫忙，最後活捉了可汗，並且用可汗血液裡的物質把寇克救活了。（雖然很扯但至少不用等下一集才救活，可喜可賀。）
最後可汗又被冰回冷凍艙裡，一年後企業號修復，決定開始展開星際聯邦首度重要的五年旅程，在啟航儀式上，寇克艦長開始唸著：「太空，人類的終極邊疆，星艦企業號的五年旅程，就是要探索陌生新世界，去尋找新生命和新文明，勇敢航向人類足跡從未踏至的領域。」（這裡用的是新版的no one has gone before，而不是原始版的no man）
接著混搭著TOS的片頭曲和新電影的主題曲，企業號曲速奔向下一集電影～
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